פרופסור אפרת ברוידא הינה גסטרואנטרולוגית, מומחית לבעיות במערכת העיכול ובמחלות כבד.
החל משנת 1989 משמשת כרופאה בכירה ברפואת ילדים במרכז הרפואי אסף הרופא.

כמו כן, החל משנת 1997 מכהנת כמנהלת היחידה למחלות מערכת עיכול כבד ותזונה בילדים. בין השנים 2003-2005 דר' אפרת ברוידא כיהנה כסמנכ"לית המרכז הרפואי אסף הרופא.

פרופסור אפרת ברוידא ביצעה מחקר במעבדת כבד, באחד מבתי החולים המובילים בארה"ב – Mount Sinai New York.